1945年，中国内地会总干事豪顿主教向孙德生发出挑战：加入中国内地会，担任澳州和纽西兰地区的主任。这完全颠覆了他的世界。
其实孙德生早已参与了中国内地会的工作，但不属于全职同工。他之前在律师事务所的雇主—威金森（John Wilkinson），是纽西兰中国内地会的理事会主席，常请孙德生协助文书与行政的工作。孙德生不只与本地宣教士和奉献人士有来往，又安排聚会与探访，后来还加入成为理事会一员。但如今豪顿主教却邀请他加入成为全职同工。
老实说，当时还真不是有任何巨大改变的最好时机。1931年，孙德生与伊迪丝结婚，儿子威伯现在九岁大；孙德生现在已不是孓然一身，必须举家迁移，搬到澳洲。
况且，他在圣经学院也做得不错，离开学校是件不可思议的事。亲友都不赞成他离开，说：“你为何要舍大求小呢？”有些人说，上帝不会为了要祝福中国内地会，而抢走圣经学院的好校长、好领袖的。
但当孙德生与妻子不断为这事祷告时，他们觉得这是上帝对他们的心意。所以，虽然有各种合理的反对声浪，孙德生毅然接受这职务—惟有在他凭信心踏出一步之后—上帝才开始铺平他的路，并印证他的选择是正确的。后来圣经学院找到一位合适的接管人，解决了大家的疑虑；在孙德生离任前，一位奉献者的捐助也奇妙地解决了学院兴建大楼所积欠的建筑费用问题。接着，当他们一家搬到澳洲墨尔本时，虽然当时找房子不容易，但上帝却为他们预备了美好的住处。亲友们因此而开始改变想法，肯定他的决定。
孙德生再次发现，他和妻子伊迪丝必须要在还没有印证之前就勇敢迈出信心的步伐—即便如此会违背朋友们的好心相劝；但惟有在他们决定并采取行动之后，上帝才向他们印证他们是按着祂的旨意行动的。他发现这不是一件容易的事。
但这只是旅程的起点。孙德生虽然有在律师事务所工作和带领圣经学院的经验，但他发现与宣教士相处却是另一回事。他没有宣教的实战经验，加上一贯有条不紊、商业化的处理问题方式，对一些资深的宣教士来说，也未必会受到欢迎。不过，一段时间过后，多数的人都开始重视他的决断、远见和命中问题核心的能力。他的讲道和演讲使他更加出众，不断地感动、启发和激励他的听众。
接着在1954年，他收到一封邀请他担任中国内地会负责人的信。当他记起上帝如何在过去多次地加添他能力，去面对看似不可能的挑战，就抑制自己，不马上推辞，而是与妻子伊迪丝一起多次祈祷。这一次，上帝给了他几个暗示，让他知道无论他对这份工作有什么疑虑，上帝都会再次带领他度过的。
妻子伊迪丝告诉他，这种转变是“无可避免的”；这时，一位与他同住的老朋友则向他引用了彼得前书5章1-7节彼得劝勉众长老以正确的态度牧养群羊。孙德生用《腓力斯现代英语新约》（The New Testament in Modern English）来读这段经文，特别受到感动。经文说：“要甘心乐意地接受照顾他们的责任，而不是基于你认为这是自己无法逃避的义务……你可以把一切焦虑卸给祂，因为祂顾念你。”
这些话对他简直是当头棒喝。上帝显然要他用正确的心态来接受这个任务，同时又向他保证，会在整个旅程中与他同行。
在接下来的15年里，孙德生紧紧抓住这个确据，带领中国内地会面对各种考验。当时中国是宣教士的禁区，内地会同工正在思考前路，考虑让宣教士们到日本、台湾、印尼、菲律宾、泰国和马来西亚宣教。差会内部也面临大型的重组，调整领导阶层的角色与责任。孙德生需要四处奔波，探访宣教士，了解他们的工作、挑战和需要—又要说服他们去适应局势的改变。他也需要与不同国家与地区的监管理事会合作—每一个都有自己独特的文化、传统和挑战—同时又要保持机构的整体合一。
孙德生在带领中国内地会的期间，经常强烈地感到自己的不足。但他同时也发现，这种不能胜任的惧怕也对他是有利的：经常提醒他要仰望主的帮助，又要完全倚靠祂。
他曾写道：“关键在于你的态度。我发现每当上帝要我做些我无法胜任的新事时；每当我意识到自己的不足而转向上帝，对祂说：‘主啊，祢呼召我去做这事，我就仰望祢的供应’时，每一次祂都会带领我度过难关。这就是自己无法胜任的感觉所让我学习到的功课。上帝不一定会挪去这种感觉，使你感到自己足能胜任，但祂会一直帮助你。”