他结婚的消息叫人震惊。马偕当时34岁，是位“黑胡子生番”宣教士；与年龄只有他一半岁数的台湾原住民女子张聪明结婚。张聪明是马偕在台湾带领的第一位女信徒陈塔嫂的养孙女，是一名“平埔番”，岛上汉族华人谑称她为“平地的番人”。
婚礼于1878年5月27日在福尔摩沙岛(今天的台湾)北端的淡水举行。众人对此议论纷纷，许多加拿大籍牧师和外侨社团同僚都不赞成这段婚姻。毕竟当时许多西方人自认为是优越的种族，白种人娶原住民女孩？有些人喃喃自语说：“丢脸！”
更糟的是，有人认为马偕迎娶那女孩是为了要遏止其他人再为他做媒。其实妇女海外宣教委员会(The Women’s Foreign Missionary Committee)就曾差派单身女教师来帮助他，盼望能给他介绍一个“适合”的配偶。马偕不只断然回绝她们，也清楚说明他对西方女宣教士的看法。他个人认为，她们将无法适应热带的气候，也难以忍受艰苦的宣教开荒工作，所接触的人群也不会完全接纳她们。
不过，对台湾本地人来说，这可是轰动一时的事。那位“生番”竟放弃自己的民族，成了他们的一分子！这当然值得大肆庆祝一番。他不再是一位外国宣教士，是女婿，是自己人了。
日后有传记家评论说，这正是马偕迎娶张聪明的目的。他们观察说，这是马偕英明、精心计划的一步，不但赢得本地人的心，更反映出他是真心接受当地文化的。马偕自己则指出：“我在想我可以怎样为耶稣做更多。”
我们永远不会知道当马偕决定娶张聪明为妻，以她为心灵伴侣和一生宣教伙伴时的想法和感受。不过，可以肯定的是，这段婚姻反映并奠定了他当初在1871年12月29日到达台湾时所抱持的信念：唯有真的入境随俗，向当地人传福音的事工才有望成功。
打从第一天开始，马偕就竭力融入到上帝差派他去的人群当中。有鉴于中文里有很多音调是欧洲语系里所没有的，因而西方人在语言上会与当地人之间的沟通产生困难。他开始学习岛上大部分居民所说的闽南话，并且说得流利。他花更多时间与当地人为伍，多过于与自己的族人一起，也渐渐愈来愈喜欢与他们作伴，胜过于和其他的西方人为伍。他为台湾所有的事物着迷，从文化传统到动物和植物，并且他有可观的收藏品，今天仍被展放在几个博物馆里。他也把在台湾发现的事物和人物写成《台湾遥寄》(From Far Formosa: The Island, Its People, and Missions)，成了当代史家与学者研究人类学的重要资料。
但更重要的是，马偕与自己的上司和母会长期抗战，企图拦阻他们想要在北台湾宣教事工上建立西方文化的影响。他坚持要训练本地的传道人，让他们有能力去接触自己的同胞，并一再拒绝委派西方宣教士来监督本地宣教和植堂的事工。
他说：“这是一个为本土教会设立的本土福音事工”。即使在他未离开加拿大以前，他就抱持这样的原则，且一直持守这个原则，到他在1901年去世为止。
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