1901年马偕因患癌症去世时，再没有人怀疑他一直持守的原则，就是为本地事工训练本地工人的果效。当然，多年后他也变得成熟老练，承认长老会在台湾南部事工的价值。他说：“虽然我们的方法不同，我们‘信仰盼望相同，爱心亦一致’……上帝并没有指定主的仆人该怎样工作；人人都应照着自己的能力与处境，来服事我们的主。”
马偕在台湾北部遗留下的产业，至今仍然存在。他创立的学校为台湾现代教育铺路，牛津学院(即现今的真理大学)也被公认为高等教育学府的先锋。他建立的诊所就是现在的马偕医院；后来搬到台北市中心，被称为马偕纪念医院。
更重要的是，马偕建立的无数教堂最终成了北台湾长老教会的基石。他赋予本地传道人更多自主与自由的空间，远超过昔日大部分的西方宣教士。他也帮助他们自立自足，对台湾教会的增长带来重要的作用。他的影响力甚至延至家乡，正如达夫当年启发了他一样，马偕的英勇事迹也激发年轻人献身成为宣教士。
但最为人津津乐道的是马偕如何认同台湾人的生活。他的完全委身、对人的真诚关怀，以及要克服文化、语言、种族障碍的决心正正反映了上帝对祂子民不离不弃的爱，也因此为主赢得许多人心。研究马偕生平的学者卢勒教授(James Rohrer)指出，马偕的事奉告诉我们，文化上的差异是可以透过互相关爱与尊重所建立的关系来跨越的。他写道：“马偕敞开自己去接触他所服事的人，也愿意为他们而有所改变。这种愿意与当地人融合为一、尽量与他们完全认同的渴望，深深触动许多他所接触的人。”
对马偕来说，这一切都是因着他深深热爱台湾与当地人民的缘故。他写道：“这个小岛是我心中所爱的。”他爱当中的山峦、幽谷、江河及人民。他宣告：“我乐意以福音服事他们，甘心付上生命千万次。”
他以一首诗〈最后的住家〉(My Final Resting Place)来表达此情此爱(此诗后来经由他人编曲成为一首台语诗歌，以下诗词是根据台语歌词改写)：
我全心所疼惜的台湾啊！我的青春全献给你。
我全心所疼爱的台湾啊！我一生的欢喜都在此。
我在云雾中看见山岭，从云中缝隙观望全地，
波澜大海遥远的对岸，我爱在此眺望不息。
我心未可割离的台湾啊！我的人生全献给你。
我心未可割离的台湾啊！我一生的快乐都在此。
盼望我人生的终点站，在大浪拍岸的响声中，
在竹林摇动的荫影里，找到一生最后的住家。
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