富雅各宣教生涯的特点是一步一脚印，是纯朴踏实的信心之旅，不像某些“著名”宣教士那些激昂、惊人的戏剧化经历。他的第一步是在九月到达槟城后，按照计画在槟城的英华男校里担任老师。这是一项富有意义的工作，不但指引年轻学生跟随主基督的道路，也授予他们知识与技术，能够作为日后生活谋生所用。富雅各料想这就是他余生一辈子的工作。
不过，一趟马来半岛最南端之旅—到新加坡去参加卫理公会的年会，却改变了他的想法。其中一位讲员万会督(Bishop Frank J. Warne)分享了一段引人入胜的故事，描述他在香港如何巧遇一群正要迁往婆罗洲岛砂拉越的中国人。砂拉越的英国人统治者“白人拉惹”布律克(White Rajah， Charles Johnson Brooke)正要开创一个新的殖民地，藉着当地领袖说服几百位中国农民，从中国的福州地区(今天的福建省)迁移到砂拉越。有趣的是，其中许多移民都是基督徒由早期宣教士带领归主，是卫理公会天安堂的会友。许多人借此机会逃避中国长久以来的内战和家乡的旱灾。卫理公会则看此为一个机会，可以把福音带到更深入的地区。
万会督接着强调最紧急的需要：他发现这一小撮的华侨到达砂拉越后，就没有牧者或教师来引导他们走这条信仰的信心之路，以确保他们不会倒退、返回到传统信仰和习俗之中。他呼吁说：“我奉主的名请求你们，挑选其中一位去到砂拉越的华人中间成为宣教士，愿主帮助他，因为他在这个丛林地区的工作将会遇到艰难，甚至会有生命危险。”
听到这个消息，富雅各首先是感到一阵冒险的激动。砂拉越？那不就是传说中凶残的猎人头部落达雅族人的必争之地吗？听起来非常吓人—但却令人兴奋。他不知道自己能否有机会被委派去执行这项艰难的任务，但自知没什么毛遂自荐的资格。亚洲文化对他来说依旧陌生，对中文和马来文的认识才刚刚起步，更不是一位被按立的牧师。他想的是对的，最终是一个比他年长、更有经验、更有资格的人，被委派去做这份工作。
不过，富雅各依旧盼望有一天他也会有这样的机会。他耐心、顺服地回到槟城，继续勤奋地照顾男学生在教育、社会和属灵方面的需要。然而，只要有空闲时间，他都会尽量阅读关于砂拉越那块神祕土地的资料，哪怕只是少许的资料。书中对青翠丛林和达雅族海盗的描述，深深令他着迷，英国殖民政府如何争取当地统治权，成为“白人拉惹”的故事更是引人入胜。
忙碌的一年过去了，富雅各又回到新加坡参加年会。被差派去砂拉越的卫斯特医生(Dr. B. F. West)报告工作进度，指出这是个十分考验体力的工作，并要求一个较年轻的人选来取代他。他说：“婆罗洲需要的是一个愿意长期在那儿服事的人。”
当时他的心跳加速。他有机会被选上吗？还是要再次回到槟城？那时29岁的他，根本不需要操心。因为有人提名他并且很快得到批准；在会议结束时就已经决定下一位到砂拉越拉让江流域的宣教士就是富雅各。这位宣教士漫长的旅程又静悄悄地迈出了一小步，从美国宾夕凡尼亚州到马来亚的砂拉越。
富雅各很快就准备就绪，不久就登上另一艘船，驶向更远的东方。不像1899年那次从美国远道而来的行程，1903年二月的这一次旅程要短得多，不久船就到达砂拉越的首府古晋。他举目望天，见到第一道曙光冲破笼罩城镇的浓雾。他后来回想道：“虽然被这属天美景所围绕，我们却看到船正往前驶向的河口。我带着上帝从天而降的应许之光，去接受我的新任务。”他说在那一刻，他终于感到“我就是上帝为世界这个角落的计划所预备的那个人。”